En un mundo paralelo al nuestro reside la ciudad de Kamitsubaki. Un día, el jugador, un «Observador», es convocado a este funesto mundo. Allí conoce a una chica llamada Kafu, con la que emprende una aventura para salvar al mundo de su inminente perdición.
«KAMITSUBAKI CITY REGENERATE» es una novela visual de ciencia ficción y fantasía oscura que tiene lugar en “Kamitsubaki City”. La ciudad cobra vida con impresionantes ilustraciones y personajes con voz, cada uno con su propio sprites único. El juego cuenta con la historia más extensa de la serie, que se adentra directamente en el corazón de Kamitsubaki City, e incluye numerosas canciones populares de los artistas vocales de Kamitsubaki que enlazan con la trama y amplían la escala de la historia del mundo.