El dúo de hermanos regresa en una entrega totalmente nueva de la serie Mario & Luigi, en la que levarán anclas a bordo de la Isla Nao (mitad barco, mitad isla) para recorrer el ancho mundo de Concordia. Los jugadores encarnarán a este par de mostachudos héroes y explorarán islas que albergan desde selvas tropicales hasta bulliciosas ciudades. Por el camino conocerán a nuevos amigos que les echarán una mano durante la aventura, y también se cruzarán con personajes conocidos del Reino Champiñón, como Peach y Bowser. Los usuarios tendrán que aprovechar la «conexión fraternal» que une a Mario y Luigi para lograr que los hermanos salgan airosos mediante las acciones tándem, con las que podrán superar toda clase de obstáculos, y los ataques tándem, que les servirán para hacerse con la victoria en combates por turnos con un toque muy dinámico.