La historia está ambientada siete años antes de los acontecimientos de FINAL FANTASY VII (1997) y está protagonizada por Zack Fair, un joven y ambicioso Soldado. A Zack le encomiendan localizar a un Soldado de 1.ª clase llamado Génesis Rhapsodos que ha desaparecido.
Sin embargo, esta misión lo lleva a descubrir la cara oculta de los turbios experimentos de Shinra y los monstruos que han creado. En el juego aparecen Cloud, Sefirot, Aeris y otros personajes de la saga FINAL FANTASY VII.